自2010年起，楚雄州中医医院与县级中医医院建立了结对帮扶关系，重点围绕“组团式”帮扶、典型引领示范、学科建设、人才培养等方面，把医疗卫生对口帮扶作为重大政治任务，真情实意帮扶、真金白银投入、精兵强将支持，力度大、措施准、作风实，医疗卫生对口帮扶取得显著成效。
2016年，在国家卫计委关于加强三级医院对口帮扶贫困县县级医院的政策指引下，楚雄州中医医院主动融入健康扶贫攻坚战，与永仁县中医医院签订帮扶协议，成立了对口帮扶领导小组，制定帮扶方案，以“解决一项医疗急需，突破一个薄弱环节，带出一支技术团队，新增一个服务项目”为目标，对口帮扶贫困县县级医院，进一步提升贫困县县级医院医疗服务能力，为减少各族人民群众因病致贫、因病返贫创造医疗条件。
2019年7月，按照国家卫健委、国务院扶贫办、国家中医药管理局、中央军委后勤保障部（国卫医函[2019]109号）《关于再次调整部分三级医院帮扶贫困县县级医院对口关系的通知》精神，我院的帮扶对象由原来的1家县级中医医院增加到5家，包括大理州祥云县中医医院、楚雄州永仁县中医医院、姚安县中医医院、南华县中医医院、牟定县中医医院，此外还有州级中医医院1家——怒江傈僳族自治州中医医院。
我院分别与每家医院签订对口帮扶协议，结合受援医院的发展情况和实际需求，制定个性帮扶方案，采取长期驻点，安排支援医师开展门诊、住院工作；以点带面，以科室为单位开展团队式帮扶；定期到帮扶医院开展手术、查房、病例讨论、学术讲座、新业务培训等；建立医联体、医共体进行输血式帮扶，提供医院管理和诊疗技术指导，建立健全科室规章制度，建立质控体系，改良中彝医治疗技术；以强帮弱，利用我院重点专科、特色专科的团队资源，精准帮扶支持贫困县县级中医医院骨伤科、肛肠科、针炙科、推拿科、消化科、呼吸内科、心内科、重症医学科、皮肤科、神经外科、泌尿外科、急诊科等累计12个科室的建设。两年来，累计派出60余名医技人员到帮扶医院开展工作，建成州级中医重点专科2个，新增科室7个，6个重点专科在建设中，开展新项目和新技术累计34种，帮扶医院出院人次逐步上升，手术量逐步上升，且开展了腹腔镜限制类医疗技术，实现了县中医医院限制类医疗技术零的突破。
2018年10月，我院派出肛肠中心副主任医师3人，高年资主治医师1人，高年资医师4人，对怒江傈僳族自治州中医医院肛肠科开展省级重点专科帮扶，成效显著。值得一提的是，陈振武医师根据实际情况开展理论培训和技术指导，为科室管理和建设提出合理化建议，并针对怒江州民族族别成分多、人口居住分散，各族群众对肛肠疾病认识不足，盲目就医和舍近求医问题突出等特点，在门诊坐诊和义诊期间，因地制宜以图文模式和现场讲解的方式让各族群众直观的认识肛肠疾病，建立肛肠微信群，向患者提供科室咨询电话，全方位为患者提供就诊渠道，真正为当地百姓解决实际困难，受到了当地群众的好评，被怒江傈僳族自治州人大授予首届“怒江州荣誉市民”称号。
2019年5月，我院派出功能、医学影像、麻醉、骨伤4名骨干到深度贫困县武定县人民医院开展帮扶，规范了脑卒中影像检诊流程、创伤检诊流程，头颈血管CTA检诊技术、冠脉CTA影像技术日趋成熟，CT薄层、3D及多平面重建技术广泛应用，心血管超声诊断技术、麻醉科专业水平等都有较大提升，医院医疗安全得到进一步保障，基层诊疗能力显著提高，极大缓解了“看病难”问题。
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